À son retour à Québec il se met au service du gouverneur. Sa bravoure et sa connaissance du pays, le font vite remarquer du gouverneur général de la colonie, Charles de Montmagny. A vingt neuf ans, il est nommé capitaine de la deuxième ville du pays, Trois-Rivières.

Il se fait architecte, rebâtit et fortifie la ville pour résister aux tribus iroquoises, farouches ennemis des Français.

Reconstitution de Trois-Rivières en 1635, sans doute très proche de la ville dans laquelle Pierre Boucher a vécu
A: résidence des jésuites; B: fort de Trois-Rivières; C: camp amérindien